يتم تمويل المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين من الميزانيّة الاعتيادية للأمم المتحدة، والتي تأتي من مساهمات جميع الدول الأعضاء. وتوافق الجمعية العامة على ميزانيّة المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين على أساس سنوي، مع توفير الموارد اللازمة لها للوفاء بولايتها.