إن المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين مكلفة باتباع نهج يركز على الضحايا مع المشاركة والتمثيل الكاملين والهادفين للناجين والناجيات والأسر في جميع مجالات عملها. وهذا يعني أن حقوق الضحايا ووكالاتهم واحتياجاتهم ورفاههم وسلامتهم وأمنهم وكرامتهم يجب أن تكون في صميم أي استجابة للانتهاكات التي عانوا لها. يدعم هذا النهج بدوره حقوق الضحايا ويعترف بهم كأصحاب حقوق ووكلاء للتغيير. وبالتالي، ينبغي أن يوجه هذا النهج عمل المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين في كل مرحلة، من قرارات الاستراتيجية رفيعة المستوى إلى التفاعلات الشخصية اليومية مع الضحايا. وتتعلق أهمية هذا النهج أيضًا بالتعامل مع تعقيدات البحث عن المفقودين. 

تعدُّ المشاركة الهادفة للضحايا مكونًا ضروريًا لتنفيذ نهج يركز على الضحايا بهدف منع أو الحد من العواقب السلبية المحتملة لأعمال المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين بما في ذلك تعاملها مع الضحايا (مبدأ "عدم الإضرار").