إن المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين مكلفة باتباع نهج يركز على الضحايا مع المشاركة والتمثيل الكاملين والهادفين للضحايا - بما في ذلك الناجين والناجيات والأسر - في جميع مجالات عملها. وهذا يعني أن حقوق الضحايا ووكالاتهم واحتياجاتهم ورفاههم وسلامتهم وأمنهم وكرامتهم يجب أن تكون في صميم أي استجابة للانتهاكات التي عانوا لها. يدعم هذا النهج بدوره حقوق الضحايا ويعترف بهم كأصحاب حقوق ووكلاء للتغيير. وبالتالي، ينبغي أن يوجه هذا النهج عمل المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين في كل مرحلة، من قرارات الاستراتيجية رفيعة المستوى إلى التفاعلات الشخصية اليومية مع الضحايا. 

تعدُّ المشاركة الهادفة للضحايا مكونًا ضروريًا لتنفيذ نهج يركز على الضحايا. ويشكل مبدأ "عدم الإضرار" مكونًا آخر للنهج الذي يركز على الضحايا ويوجه جميع جوانب عمل المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين، بهدف منع أو الحد من العواقب السلبية المحتملة لأعمال المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين بما في ذلك تعاملها مع الضحايا.