لقد تم بالفعل القيام بالكثير من العمل المهم من قبل الجهات الفاعلة الأخرى – السوريّة والدوليّة على حد سواء – لمعالجة أزمة الأشخاص المفقودين في سوريا. وقد دعا القرار المنشئ للمؤسّسة إلى العمل "بالتعاون الوثيق والتكامل مع جميع الجهات الفاعلة ذات الصلة"، كما وأدرج عدم الازدواجيّة كمبدأ أساسي يوجّه عملها. 

ستكمّل المؤسّسة عمل الآخرين وتتعاون معهم بشكل وثيق لتجنب الازدواجيّة والاستفادة من الخبرات الموجودة. فهذا النهج مهم أيضًا ضمن نهج يركز على الضحايا للحد من خطر إعادة الصدمة، بما في ذلك من خلال التوثيق المتكرر لحالات الأشخاص المفقودين. 

يطلب القرار التأسيسي للمؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين من جميع الجهات الفاعلة ذات الصلة، وخاصة تلك العاملة ضمن منظومة الأمم المتحدة، التعاون الكامل مع المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين. وتجري المؤسّسة المستقلّة حاليًّا مناقشات مع العديد من الجهات الفاعلة ذات الصلة سعيًا إلى التعاون معها من أجل تنفيذ ولايتها.