تعترف النصوص التأسيسيّة للمؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين بالأبعاد الجنسانية العديدة لظاهرة الأشخاص المفقودين وتطالبها أن تؤسس جميع جوانب عملها في الشمولية الجنسانية وعدم التمييز. على سبيل المثال، يُطلب من المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين إجراء تحليل جنساني عبر برامجها، بما في ذلك تحديد الأسباب  المتفارقة جنسانياً حول سبب اختفاء الأشخاص، وتأثير ذلك على أسرهم، وغير ذلك من المخاطر والتحديات الأخرى. 

لقد أولت المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين اهتمامًا وثيقًا بالشمولية الجنسانية أثناء تعاملها مع الضحايا، بما في ذلك الناجين والناجيات والأسر. وكما هو مطلوب بموجب قرار تأسيسها، تواصل المؤسّسة التعامل مع المنظمات النسائيّة وروابط الضحايا التي تقودها النساء. في حين كانت النساء بارزات في مجموعات الضحايا وفي الدعوات لإنشاء المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين، فإن المؤسّسة تدرك الحواجز الجنسانيّة التي قد تحول دون المشاركة بما في ذلك عدم المساواة في الوصول إلى الفرص، والوصمة التي يواجهها بعض الناجين والناجيات، وتأثيرات تجارب الضحايا السابقة مثل الابتزاز والمضايقات. وبالتالي، ستواصل المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين العمل مع هذه المجموعات لتطوير استراتيجيّة مخصّصة تعمل على مراعاة الفوارق الجنسانية والشموليّة في جميع جوانب عملها، بما في ذلك المشاركة. 

توجد اعتبارات جنسانية أيضًا على المستوى المؤسّسي للمؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين. على سبيل المثال، يجب تعيين موظفي المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين مع مراعاة التوازن بين الجنسين. ويُطلب من رئيس/ة المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين إثبات التزامه/ا بالمساواة بين الجنسين في هيكل المؤسسة وعملها، وقد تم دمج الخبرة في الحساسية الجنسانية في عمل المؤسسة منذ البداية.