يُعد المجلس الاستشاري أحد الوسائل التي تضمن المشاركة الفاعلة والهادفة لأسر المفقودين والناجيات والناجين والمجتمع المدني في عمل المؤسسة. كما يوفر نافذة للمؤسسة المستقلة للحصول على المشورة والآراء من خبراء سوريين ودوليين.