إن المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين مكلفة بتوفير الدعم الكافي للضحايا، بما في ذلك الناجين والناجيات وأسر المفقودين. وسوف ترتبط برامج الدعم التي تقدمها المؤسسة ارتباطًا وثيقًا ببرامج البحث التي تنفذها، نظرًا لأن بعض أشكال الدعم المقدمة للأسر التي تمر بعملية البحث الصعبة عن أحبائها ضرورية في إطار نهج يركز على الضحايا، بما في ذلك الناجين والناجيات وأسر المفقودين، ولدعم مبدأ "عدم الإضرار". 

إن المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين تمر بمرحلة تحضيرية ولم تطلق برامج الدعم بعد، ولكن في المستقبل قد تشمل هذه البرامج ما يلي: 

• تأمين خدمات الصحة النفسيّة الاجتماعيّة – مباشرة و/أو من خلال نظام الإحالة – للضحايا أثناء تفاعلهم مع المؤسسة للبحث عن الأشخاص المفقودين؛ 

• إصدار وثائق تتعلق بحالة الأشخاص المفقودين، والتي تُعرف أحيانًا باسم "شهادات الغياب"، لمساعدة الأقارب على مواجهة التحديات القانونية وغيرها المتعلقة بغياب الشخص والوصول إلى حقوقهم؛ 

• رفع التوعية القانونية لمساعدة أسر المفقودين على حماية أنفسهم من المعلومات المضللة والابتزاز أثناء عملية البحث؛ 

• تطوير نظام إحالة للأسر والناجين والناجيات للوصول إلى الخدمات اللازمة لتلبية احتياجات أخرى. 

تنتشر الأسر والناجين والناجيات في العديد من البلدان ولديهم مجموعة كبيرة من الاحتياجات الاقتصاديّة والصحيّة والحماية والتعليم وغيرها، ولن تتمكن المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين من تلبية جميع هذه الاحتياجات. وتعتزم تطوير شبكات الإحالة للاستفادة من الخبرات والخدمات الحالية التي تقدمها الجهات الفاعلة الأخرى لتلبية بعض هذه الاحتياجات. 

قد توجه المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين أيضًا توصياتها الى الدول ومقدمي الخدمات للاعتراف باحتياجات الأسر والناجين والناجيات في برامجهم. كما ولن تتمكن المؤسّسة المستقلّة المعنيّة بالمفقودين من تقديم المساعدة المالية المباشرة للضحايا. لذلك، فمن المرجح أن تتطور أنشطة الدعم بمرور الوقت بناءً على آراء الضحايا والاحتياجات والظروف المتغيرة.